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Fracastoro è uno dei fondatori della moderna patologia. Nello studio da scienziato fu il primo ad ipotizzare e verificare che le infezioni fossero dovute a germi portatori di malattia, con la capacità di moltiplicarsi nell'organismo e di contagiare altri attraverso la respirazione o altre forme di contatto. Nella sua bibliografia scientifica si nota "Syphilis sive de morbo gallico" (Sifilide, ossia sul "mal francese" - che da allora in poi sarebbe stato chiamato sifilide) sotto forma di poemetto in esametri (scritto nel 1521, ma pubblicato nel 1530) e il trattato "De contagione et contagiosis morbis" (Sul contagio e sulle malattie contagiose) nel 1546. Il trattato è all'origine della patologia moderna.